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Arabica:
La specie che è stata usata per prima è Coffea arabica, una pianta originaria dell'Etiopia del Sudan sud-orientale e del Kenya settentrionale e in seguito diffusasi nello Yemen, luogo in cui, peraltro, si ebbero le prime tracce storiche del consumo della bevanda.

Robusta:
Molto coltivata oggi è Coffea robusta (o Coffea canephora). È una specie originaria dell'Africa tropicale, tra l'Uganda e la Guinea, molto adattabile e perciò più economica. La sua coltivazione è incominciata solo nell'Ottocento. È una pianta allogama, quindi richiede impollinazioni incrociate che la possono differenziare geneticamente con più facilità rispetto alla arabica.

Liberica:
Tra le specie di coltura meno diffusa, la più importante è Coffea liberica, originaria della Liberia e coltivata, oltre che in Africa occidentale, soprattutto in Indonesia e nelle Filippine.

Excelsa:
Nel 1903 è stata scoperta in Africa una nuova specie di alberi del caffè, battezzata con il nome di Coffea excelsa. Tuttavia, successivamente, i botanici hanno ritenuto che questa specie fosse in realtà solo una varietà di Coffea liberica